Analyse transcriptionnelle intégrée des maladies hépatiques

Équipe 4 – INSERM U1011 – Université de Lille – CHU Lille – Institut Pasteur de Lille

Les maladies hépatiques d’origine métabolique ont des répercussions importantes à long terme non seulement sur le foie proprement-dit, en pouvant évoluer vers la cirrhose voire un cancer hépatique, mais aussi sur le plan cardio-vasculaire. Les mécanismes sous-tendant l’évolution pathologique de cet organe soumis à des agressions modérées mais répétées sont identifiés dans leurs grandes lignes, mais les facteurs causatifs et aggravants de cette évolution restent inconnus. Ces zones d’ombre sont un frein significatif au développement de thérapies efficaces et bien tolérées, nécessitant l’identification des acteurs moléculaires qui constituent des cibles thérapeutiques potentielles. Les réponses adaptatives du foie aux variations de son environnement reposent en grande partie sur des voies de signalisation modifiant l’activité transcriptionnelle des différents types cellulaires constituant cet organe. En caractérisant leurs altérations dans des conditions pathologiques à la fois chez l’homme et dans des modèles expérimentaux, nos projets identifient des processus-clefs du dysfonctionnement hépatique dans des pathologies telles que la NASH et la fibrose, dont la prévalence est accrue chez les patients diabétiques.

Financements

Actualités

Les travaux récents de notre équipe ont permis de :

  • Identifier le sexe et le temps comme principales variables impactant la dérégulation transcriptionnelle dans la stéatohépatite associée à un dysfonctionnement métabolique (MASLD) (Vandel et al. Hepatology 2020; Johanns et al. JHEP Rep 2024).
  • Révéler que l’identité des hépatocytes est contrôlée par un large éventail de facteurs de transcription au-delà du réseau de régulation de base précédemment reconnu, y compris le récepteur bêta de l’hormone thyroïdienne (THRB) (Dubois-Chevalier et al. EMBO Rep 2023).
  • Identifier le facteur de transcription BNC2 et son O-GlcNacylation comme des pierres angulaires dans l’établissement du programme transcriptionnel myofibroblastique impliqué dans le développement de la fibrose hépatique (Bobowski-Gerard M et al. Nat Commun 2022; Very N et al. Cell Death & Dis Sous presse).

Membres

Philippe Lefebvre

DR1 Inserm, responsable d’équipe

Numéro ORCID : 0000-0002-9366-5129

Jérôme EECKHOUTE

DR2 CNRS

Numéro ORCID : 0000-0002-7222-9264

Alexandre BERTHIER

Post-doc

Victoria AVILKINA

Post-doc

Clémence BOULET

IE

Julie CHEVALIER

IR Inserm

Numéro ORCID : 0000-0003-0471-752X

Ninon VERY

Post-doc

Manjula VINOD

Post-doc

Dmitry GALINOUSKY

Post-doc

Rebecca YOUSSEF

Thésarde

Georgiana TOMA

Post-doc

Ludivine VASSEUR

Thésarde

Céline GHEERAERT

IE Univ

Numéro ORCID : 0000-0003-b-6363

Mots-clés

Contact d'équipe

Philippe Lefebvre

DR1 Inserm, responsable d’équipe

Numéro ORCID : 0000-0002-9366-5129

Publications

Time-of-day-dependent variation of the human liver transcriptome and metabolome is disrupted in MASLD.

Johanns M, Haas JT, Raverdy V, Vandel J, Chevalier-Dubois J, Guille L, Derudas B, Legendre B, Caiazzo R, Verkindt H, Gnemmi V, Leteurtre E, Derhourhi M, Bonnefond A, Froguel P, Eeckhoute J, Lassailly G, Mathurin P, Pattou F, Staels B, Lefebvre P.

An extended transcription factor regulatory network controls hepatocyte identity.

Dubois-Chevalier J, Gheeraert C, Berthier A, Boulet C, Dubois V, Guille L, Fourcot M, Marot G, Gauthier K, Dubuquoy L, Staels B, Lefebvre P, Eeckhoute J.

Timed use of digoxin prevents heart ischemia-reperfusion injury through a REV-ERBα-UPS signaling pathway.

Vinod M, Berthier A, Maréchal X, Gheeraert C, Boutry R, Delhaye S, Annicotte JS, Duez H, Hovasse A, Cianférani S, Montaigne D, Eeckhoute J, Staels B, Lefebvre P.

Functional genomics uncovers the transcription factor BNC2 as required for myofibroblastic activation in fibrosis.

Bobowski-Gerard M, Boulet C, Zummo FP, Dubois-Chevalier J, Gheeraert C, Bou Saleh M, Strub JM, Farce A, Ploton M, Guille L, Vandel J, Bongiovanni A, Very N, Woitrain E, Deprince A, Lalloyer F, Bauge E, Ferri L, Ntandja-Wandji LC, Cotte AK, Grangette C, Vallez E, Cianférani S, Raverdy V, Caiazzo R, Gnemmi V, Leteurtre E, Pourcet B, Paumelle R, Ravnskjaer K, Lassailly G, Haas JT, Mathurin P, Pattou F, Dubuquoy L, Staels B, Lefebvre P, Eeckhoute J.

Hepatic Molecular Signatures Highlight the Sexual Dimorphism of Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH).

Vandel J, Dubois-Chevalier J, Gheeraert C, Derudas B, Raverdy V, Thuillier D, Gaal L, Francque S, Pattou F, Staels B, Eeckhoute J, Lefebvre P.

Endoplasmic reticulum stress actively suppresses hepatic molecular identity in damaged liver.

Dubois, V.; Vankrunkelsven, W.; Gheeraert, C.; Dubois-Chevalier , J.; Dehondt, H.; Vinod, M.; Zummo, F.-P.; Güiza, F.; Ploton, M.; Dorchies, E.; Pineau, L.; Boulinguiez, A.; Duhem, C.; Rabhi, N.; E. van Kesteren, R.E.; Chiang, C.-M.; Lancel, S.; Duez, H.; Annicotte, J.-S.; Paumelle, R.; Vanhorebeek, I.; Van den Berghe, G.; Staels, B.; Lefebvre, P.; Eeckhoute, J.

GIANT : Galaxy-based tool for Interactive ANalysis of Transcriptomic Data.

Vandel, J.; Gheeraert, C.; Staels, B., Eeckhoute, J.; Lefebvre, P.; Dubois-Chevalier, J.

Combinatorial regulation of cytoplasmic signaling and nuclear transcriptional events by the OGT/REV-ERBa complex.

Berthier, A.; Vinod, M.; Porez, G.; Steenackers, A.; Alexandre,J.; Yamakawa, N.; Gheeraert, C.; Ploton, M.; Maréchal, X.; Chevalier-Dubois, J.; Hovasse, A.; Schaeffer-Reiss, C.; Cianférani, S.; Rolando, C.; Bray, F.; Duez, H.; Eeckhoute, J.; Lefebvre, T.; Staels, B.; Lefebvre, P.

The Nuclear Bile Acid Receptor FXR is a PKA- and FOXA2-Sensitive Activator of Hepatic Gluconeogenesis.

Ploton, M.; Mazuy, C.; Gheeraert, C.; Dubois, V.;Berthier, A.; Chevalier-Dubois, J.; Maréchal, X.;Bantubungi, K.; Diemer, H.; Cianférani, S.; Strub, J.-M.; Helleboid-Chapman, A.; Eeckhoute, J.; Staels, B.; Lefebvre, P.

The logic of transcriptional regulator recruitment architecture at cis-regulatory modules controlling liver functions.

Dubois-Chevalier, J.; Dubois, V.; Dehondt, H.; Mazrooei, P.; Mazuy, C.; Sérandour, A.A.; Gheeraert, C.; Penderia, G.; Baugé, E.; Derudas, B.; Hennuyer, N.; Paumelle, R.; Marot, G.; Carroll, J.S.; Lupien, M.; Staels, B.; Lefebvre, P.*; Eeckhoute, J.