LIGAN MP – Génomique et maladies métaboliques

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UMR 1283 / 8199

Installée dans les locaux d’EGID sur le site du CHU de Lille, la plateforme lilloise LIGAN-Médecine Personnalisée est dédiée au séquençage de nouvelle génération et à la génomique de pointe. L’utilisation de nos séquenceurs à haut débit et de notre plateforme de génotypage est dédiée à la médecine de précision. Elle est par ailleurs ouverte à toutes les applications de génétique et génomique quel que soit l’organisme. Elle inclut plusieurs séquenceurs Illumina (MiSeq, NextSeq, NovaSeq), de multiples robots pour la préparation de librairies, un plateau dédié au génotypage et d’autres appareils de pointe de génétique et génomique (tels que NanoString).

La plateforme comprend plusieurs groupes :

  • un groupe dédié à la biobanque, pour la réception des échantillons, les extractions d’ADN et d’ARN, et le stockage des échantillons,
  • un groupe dédié au séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le développement et l’application des protocoles,
  • un groupe dédié au génotypage par puce à ADN pour les analyses de méthylation et d’association pangénomique (GWAS),
  • un groupe dédié à la bioinformatique,
  • un groupe dédié à la biostatistique,
  • un groupe dédié au management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques/biostatistique et de stoker les données générées,
  • un groupe dédié à la cellule qualité.

En savoir plus

Membres

Amélie BONNEFOND

DR Inserm – Directrice de l'Unité U1283

Numéro ORCID : 0000-0001-9976-3005
amelie.bonnefond@cnrs.fr amelie.bonnefond@inserm.fr
03 74 00 81 00

Frederic ALLEGAERT

AI, Biobanque

Souhila AMANZOUGARENE

IE, Bioinformatique

Anne-Sophie ANTOINE

AI, Assistante LIGAN

Alaa BADREDDINE

IE, Bioinformatique

Lionel BERBERIAN

IE, Bioinformatique

Mathilde BOISSEL

IE, Biostatistique

Raphaël BOUTRY

AI, Technique séquençage

Mickaël CANOUIL

IE, Biostatistique

Hélène DE GRAVE

IE, RH

Aurélie DECHAUME

IE, Technique séquençage

Fabien DELAHAYE

Postdoc, expertise single-cell

Marion DELBARRE

IE, Celulle Qualité ISO1589 et Technique séquençage

Mehdi DERHOURHI

IR, Bioinformatique

Julien DEROP

IE, Celulle Qualité ISO1589, Technique séquençage, Responsable technico-commercial

Emmanuelle DURAND

IE, Technique séquençage

Philippe FROGUEL

Directeur U1283 Inserm

Numéro ORCID : 0000-0003-2972-0784
philippe.froguel@cnrs.fr

Corentin GIRARD

AI, Celulle Qualité ISO1589

Mélanie HOCQUET

Secrétaire, RH

Nicolas KUREZOBA

Technicien, Achat

Anne-Sophie LEDOUX

IE, Informatique

Hélène LOISELLE

AI, Technique séquençage

Vincent MASSY

IE, Informatique

Lijiao NING

IE, Biostatistique

Bénédicte TOUSSAINT

IE, Technique séquençage

Emmanuel VAILLANT

IE, Technique séquençage

Nicolas VANEECHOUTTE

IE, Informatique

Vincent VATIN

AI, Achat

Martine VAXILAIRE

DR Pasteur Lille, co-pilote post-analtytique

Numéro ORCID : 0000-0003-0361-3630

Mots-clés

Contact d'équipe

Philippe FROGUEL

Directeur U1283 Inserm

Numéro ORCID : 0000-0003-2972-0784
philippe.froguel@cnrs.fr

Publications

Nat Metab. 2020 Oct;2(10):1126-1134.

Pathogenic variants in actionable MODY genes are associated with type 2 diabetes.

Bonnefond A, Boissel M, Bolze A, Durand E, Toussaint B, Vaillant E, Gaget S, Graeve F, Dechaume A, Allegaert F, Guilcher DL, Yengo L, Dhennin V, Borys JM, Lu JT, Cirulli ET, Elhanan G, Roussel R, Balkau B, Marre M, Franc S, Charpentier G, Vaxillaire M, Canouil M, Washington NL, Grzymski JJ, Froguel P.

Nat Med. 2019 Nov;25(11):1733-1738.

Loss-of-function mutations in MRAP2 are pathogenic in hyperphagic obesity with hyperglycemia and hypertension.

Baron M, Maillet J, Huyvaert M, Dechaume A, Boutry R, Loiselle H, Durand E, Toussaint B, Vaillant E, Philippe J, Thomas J, Ghulam A, Franc S, Charpentier G, Borys JM, Lévy-Marchal C, Tauber M, Scharfmann R, Weill J, Aubert C, Kerr-Conte J, Pattou F, Roussel R, Balkau B, Marre M, Boissel M, Derhourhi M, Gaget S, Canouil M, Froguel P, Bonnefond A.

Nat Genet. 2018 Feb;50(2):175-179.

Loss-of-function mutations in ADCY3 cause monogenic severe obesity.

Saeed S, Bonnefond A, Tamanini F, Mirza MU, Manzoor J, Janjua QM, Din SM, Gaitan J, Milochau A, Durand E, Vaillant E, Haseeb A, De Graeve F, Rabearivelo I, Sand O, Queniat G, Boutry R, Schott DA, Ayesha H, Ali M, Khan WI, Butt TA, Rinne T, Stumpel C, Abderrahmani A, Lang J, Arslan M, Froguel P.

Eur Respir J. 2017 May 11;49(5):160231

Shared genetic predisposition in rheumatoid arthritis-interstitial lung disease and familial pulmonary fibrosis.

Juge PA, Borie R, Kannengiesser C, Gazal S, Revy P, Wemeau-Stervinou L, Debray MP, Ottaviani S, Marchand-Adam S, Nathan N, Thabut G, Richez C, Nunes H, Callebaut I, Justet A, Leulliot N, Bonnefond A, Salgado D, Richette P, Desvignes JP, Lioté H, Froguel P, Allanore Y, Sand O, Dromer C, Flipo RM, Clément A, Béroud C, Sibilia J, Coustet B, Cottin V, Boissier MC, Wallaert B, Schaeverbeke T, Dastot le Moal F, Frazier A, Ménard C, Soubrier M, Saidenberg N, Valeyre D, Amselem S; FREX consortium, Boileau C, Crestani B, Dieudé P.

Nat Genet. 2012 Mar 11;44(4):456-60, S1-3.

Shared genetic predisposition in rheumatoid arthritis-interstitial lung disease and familial pulmonary fibrosis.

Louis-Dit-Picard H, Barc J, Trujillano D, Miserey-Lenkei S, Bouatia-Naji N, Pylypenko O, Beaurain G, Bonnefond A, Sand O, Simian C, Vidal-Petiot E, Soukaseum C, Mandet C, Broux F, Chabre O, Delahousse M, Esnault V, Fiquet B, Houillier P, Bagnis CI, Koenig J, Konrad M, Landais P, Mourani C, Niaudet P, Probst V, Thauvin C, Unwin RJ, Soroka SD, Ehret G, Ossowski S, Caulfield M; International Consortium for Blood Pressure (ICBP), Bruneval P, Estivill X, Froguel P, Hadchouel J, Schott JJ, Jeunemaitre X.

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