(EPI) Génomiques fonctionnelles métaboliques et mécanismes moléculaires impliqués dans le diabète de type 2 et les maladies associées
Université de Lille – CHU de Lille – CNRS – Inserm – Institut Pasteur de Lille
Directeur : Amélie BONNEFOND
L’UMR 1283/8199 Multi-omique et physiopathologie des maladies métaboliques ”, dirigée Amélie Bonnefond rassemble 68 personnes, chercheurs, enseignants, doctorants/ post-doctorants, ingénieurs et techniciens.
L’unité de recherche a pour objectif de comprendre les mécanismes génétiques et physiopathologiques à l’origine des diabètes et des obésités de manière à progresser vers la médecine personnalisée des maladies métaboliques.
Comprendre les mécanismes génétiques et physiopathologiques
L’UMR 1283/8199 a comme objectif de comprendre les mécanismes génétiques et physiopathologiques à l’origine des diabètes et des obésités de manière à progresser vers la médecine personnalisée des maladies métaboliques.
Les objectifs de recherche de l’unité́ sont d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans le diabète et l’obésité́, et de mieux diagnostiquer les formes de diabète et obésité́ d’origine génétique permettant ainsi une médecine personnalisée selon le sous- type génétique. L’ensemble des projets a aussi pour but de mieux stratifier les facteurs de risque génétiques et environnementaux, et les causes génétiques primaires, des maladies métaboliques aux différents âges de la vie. Différentes approches « multi-omics » sont menées au moyen de notre plateforme de génomique LIGAN-PM unique en France (séquençage haut débit d’ADN et ARN, génotypage et analyse transcriptomique par puces à ADN, analyse en cellule unique) et notre plateforme de métabolomique IMPACT-PM.
L’unité́ dirige et est partenaire de plusieurs programmes Horizon Europe (ERC Consolidator OpiO, OBELISK, INTERCEPT).
Dans ces projets, nos équipes ont un rôle clé́ en produisant et analysant des données (épi) génomiques, transcriptomiques, ou dérivées du microbiome, à partir de grandes cohortes européennes de patients diabétiques et/ou obeses et de populations contrôles (incluant des échantillons humains sélectionnes de tissus pancréatiques, hépatiques ou musculaires). Les effets épigénétiques (modifiant l’activité́ génique) de l’environnement sur le métabolisme et les complications hépatiques et rénales du diabète sont étudiées, ainsi que les variations épigénétiques dans des conditions pré́-diabétiques telles que le diabète gestationnel ou la prématurité́.
La structuration de l’UMR 1283/8199 permet d’abord l’identification de nouvelles voies conduisant aux maladies métaboliques, puis l’établissement de modèles cellulaires ou animaux permettant leur étude précise, et la mise au point de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques. Au- delà̀, l’objectif est d’offrir les conditions optimales d’une recherche translationnelle sur le diabète et l’obésité améliorant réellement la prise en charge et la vie des patients.
Ligan PM : Plateforme Lilloise de séquençage et de génotypage haut débit pour une médecine personnalisée
La plateforme LIGAN-Médecine Personnalisée, dédiée au séquençage de nouvelle génération et à la génomique de pointe, œuvre au service de médecine de précision. La plateforme comprend plusieurs groupes : biobanque, séquençage de nouvelle génération (NGS), génotypage par puce à ADN, bioinformatique, biostatistique, management des ressources informatiques et cellule qualité.
IMPACT PM : Plateau d’analyse métabolomique et phénomique intégrative pour la médecine de précision translationnelle
La plateforme IMPACT-PM (Integrative Metabolomics and Phenomics AnalytiCs for Translational and Precision Medicine) est dédiée à la métabolomique par spectrométrie de masse haute résolution dans des contextes biomédicaux. Notre mission est de fournir une caractérisation exhaustive du métabolome dans divers contextes biomédicaux en utilisant des flux de travail de masse précise à haute résolution à haut débit, avec une couverture améliorée et une annotation à haute confiance pour plus de 2000 métabolites, lipides et médicaments.
